В нескольких километрах к востоку от Свято-Троицкой Сергиевой Лавры, посреди дремучей хвойной чащобы Исаковской рощи, на берегу Корбушинского пруда в 1844 году по благословению святителя Филарета, митрополита Московского, наместником Лавры святителем Антонием был устроен Скит, названный в честь Гефсиманского сада.
Пещерное отделение Гефсиманского скита обязано своим появлением юродивому Филиппушке, который совершил пешее паломничество из Московской в Киевскую губернию, где был поражён благолепием Печерского монастыря. По прибытии в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру блаженный испросил благословения у наместника, святителя Антония, на копание погреба близ Скита. Через некоторое время наместник, прибыв на место, увидел, что в земле обустроено не место для хранения продуктов, а настоящие монашеские кельи.
Во второй половине XIX веке пещерное отделение Гефсиманского скита обрело большую известность — в храме Архистратига Божия Михаила безнадежно больные начали получать исцеления после молитвы у списка с Ильинской Черниговской иконы Божией Матери. Первое чудо совершилось 1 (14) сентября 1869 года. В 1886 г. Учрежденный собор Лавры принял решение о строительстве в именуемом уже Черниговском скиту нового каменного верхнего надпещерного храма взамен старого деревянного. По представлению Собора Лавры автором проекта и руководителем строительства был утвержден архитектор Н.В.Султанов, один из ведущих представителей «русского стиля» и блестящий инженер.
В Черниговском скиту подвизался преподобный Варнава (в миру Василий Ильич Меркулов), вошедший в летопись Русской Церкви как “старец-утешитель». «Двери его убогой келлии были одинаково открыты для всех. Старушка, издалека пришедшая на богомолье, юноша-студент, ученый профессор, сановник, мастеровой, торговец, молоденькая девушка, монахини, дети — все шли к батюшке и находили у него удовлетворение своих духовных потребностей. Для всех он был одинаково доступен, всех одинаково привечал словом отеческой любви и утешения».
Пророчествовал прп. Варнава о тяжелых испытаниях, которые постигнут страну. Так и случилось: новая власть в 20-е годы прошлого века принялась повсеместно бороться с Православной верой. По закрытии Лавры в 1919 году братия перешла в Гефсиманский скит. Территория Черниговского скита была передана государству в 1922 году. Последняя церковь Гефсиманского скита была закрыта в 1928 году, а в 50-х его храмы были полностью уничтожены. В Соборе в честь Черниговской Гефсиманской иконы Божией Матери новые власти устроили склад. За состоянием пещерного храма никто не следил, и его полностью затопило водой.
Божиим Промыслом Пещерное отделение не постигла участь Гефсиманского скита. Пусть и в крайне запущенном виде, но оно было возвращено Церкви, и в 1990 году здесь возродилась монашеская жизнь. Большие труды прикладывали насельники святого места сего по возрождению обители.
В Скиту по сей день ведутся архитектурно-восстановительные работы. Воссоздано благолепие собора, продолжается реставрация внутренней росписи. Возвращают исторически верный вид величественной пятиярусной колокольне с расположенном на ней 18-тонном колоколом. Из небытия преображается на глазах Боголюбская Киновия — особое место, расположенное к западу от Скита, на полуостровке прудов. Она была основана в 1861 году схимонахом Филиппом с благословения святителя Филарета (Дроздова), митрополита Московского, для погребения усопшей братии Лавры.
Расположенный вдали от главных дорог, ведущих в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру, Гефсиманский Черниговский Скит сейчас, как век назад, сохраняет свое особое умиротворение и покой, а паломники посещают его, чтобы помолиться перед чудотворным Черниговским Гефсиманским образом Божией Матери и мощами преподобного Варнавы, старца-утешителя.
